歡迎來到 曼城官网曼城官网中文

免費注冊

曼城官网曼城官网中文
首頁 | 產品 | 求購 | 資訊 | 專題 | 找廠商 | 打聽 | 人才 | 品牌 | 資料 | 技術文獻 | 展會 | 耗材 | 配件 | 新品 | 促銷 | 書籍 | 招標 | 優質儀器

您的位置:曼城官网曼城官网中文>公司動態>上海遠慕生物科技有限公司>【新品推薦】循環游離DNA也能直接建庫了

【新品推薦】循環游離DNA也能直接建庫了

2019/11/19提供者: 上海遠慕生物科技有限公司 人氣指數:77 進入該公司展臺

如今,人們通常利用新一代測序(NGS)技術對cfDNA進行高通量分析,看看哪些基因有突變,并根據突變信息來確定下一步的診療方案。從理論上說,這是一種簡單易懂的方法,不過,血清或血漿中的cfDNA濃度極低,這為測序文庫的制備帶來了挑戰。

血清或血漿中的游離DNA(cfDNA)正成為無創產前檢測(NIPT)或癌癥液體活檢的焦點。在癌癥檢測中,人們已發現癌癥患者的cfDNA數量和完整性與健康對照不同。這使得cfDNA有望成為癌癥診斷、預后和分層的生物標志物。

如今,人們通常利用新一代測序(NGS)技術對cfDNA進行高通量分析,看看哪些基因有突變,并根據突變信息來確定下一步的診療方案。從理論上說,這是一種簡單易懂的方法,不過,血清或血漿中的cfDNA濃度極低,這為測序文庫的制備帶來了挑戰。

為此,QIAGEN開發出一種經過優化的文庫制備方案,融合了高效率的接頭連接和無偏向的文庫擴增,可確?;竦酶卟康撓胖什廡蛭目?,而只需要1 ng cfDNA。制備出的文庫可與靶向富集技術相結合,實現靈敏的突變檢測。



流程改進

cfDNA有兩個明顯的特征:首先,濃度極低,通常1 ml血漿中只能提取出1-100 ng cfDNA;其次,血漿或血清中的循環DNA大多以短片段存在,在180 bp左右。根據這些特征,GeneRead Library Prep Kit的操作進行了一些修改,省去了片段化的步驟。連接步驟中的接頭濃度有所降低,并使用Agencourt AMPure XP純化反應,去除接頭二聚體。

當然,在制備文庫之前,你要先從人類血清或血漿中純化出游離的DNA和RNA。很多文獻都采用了QIAGEN的QIAamp® Circulating Nucleic Acid Kit。它利用硅膠膜選擇性地結合目標核酸,可從血漿、血清和其他無細胞體液中高效純化游離核酸。樣品處理量可達5 ml,洗脫體積可在20–150 μl之間靈活選擇。

之后,利用10 μl cfDNA洗脫物,你就可以輕松地建庫了。整個流程大約在3小時內完成,而手工操作時間不到30分鐘。首先進行末端修復,加A尾,再連接接頭。之后利用Agencourt AMPure XP純化反應,去除接頭二聚體。接著是12個循環的文庫擴增,純化后即可得到高質量的NGS文庫啦。

單管操作

操作過程中需要使用到三個試劑盒:GeneRead DNA Library I Core Kit、GeneRead Adapters以及GeneRead DNA I Amp Kit。這些試劑盒與Illumina的儀器兼容。另外,QIAGEN也提供與Ion Torrent儀器兼容的試劑盒。不過,Agencourt AMPure XP磁珠需要單獨購買。

GeneRead DNA Library I Core Kit包含末端修復、加A尾和連接所需的緩沖液和試劑。與其他的文庫制備流程相比,快速的單管操作只需較少的回收步驟,極大程度減少了手工操作可能帶來的污染和失誤風險,節省時間和人力。

GeneRead DNA I Amp Kit含有創新的高保真預混液,其中包含用于擴增的GeneRead HiFi Polymerase。GeneRead HiFi Polymerase是獨特的、高度特異性的聚合酶,能夠準確擴增文庫DNA,錯配率低,序列偏差小。在標準的PCR擴增中,若DNA序列的AT或GC含量高,則擴增產物可能較少或沒有,導致錯誤的序列數據或NGS測序結果。GeneRead HiFi Polymerase與預混液中獨特的配方共同作用,能夠確保均一擴增GC含量高的基因組序列,以便在后續的測序實驗中獲得準確結果。

優質文庫

QIAGEN曾對文庫質量進行評估,發現幾乎100%的測序數據(reads)能定位到人類參考基因組,并且近100%是unique reads。高比例的unique reads代表了高的文庫轉換效率,也代表了文庫中高的序列多樣性。

這種cfDNA測序文庫與基于雜交的靶向富集相結合,也帶來了出色的覆蓋度。QIAGEN曾利用xGen® Pan-Cancer Panel,從文庫中富集127個突變基因。測序后發現,超過99%的reads都以0.2X平均覆蓋度覆蓋,而超過90%的reads以0.5X平均覆蓋度覆蓋。不同位置的目標區域也有著極其相似的平均覆蓋度。

這下,你信心大增了吧。通過GeneRead文庫制備的改良操作,即使是濃度極低的cfDNA,也能帶來優質、高產的文庫。

解讀儀器儀表行業熱點、呈現敏感事件、更多獨家分析,盡在阿儀網微信,掃描二維碼免費閱讀。

微信號:ayiwangapp17

標簽:遠慕生物  ELlAS試劑盒  細胞株    

投稿箱

曼城官网曼城官网中文 www.wkqjwk.com.cn 如果您儀器行業、企業相關新聞稿件發表,或進行資訊合作,歡迎聯系本網編輯部, 郵箱:[email protected]

為您推薦

廣告

圖片視點

水土保持野外泥沙侵蝕自動檢測儀器成果受關注

優質產品

相關新聞:

版權申明:

凡本網注明"來源:阿儀網"的所有作品,版權均屬于阿儀網,未經本網授權不得轉載、摘編或利 用其它方式使用。已獲本網授 權的作品,應在授權范圍內使用,并注明"來源:阿儀網"。違者本網將追究相關法律責任。

本網凡注明"來源:xxx(非本網)"的作品,均轉載自其它媒體,轉載目的在于傳遞更多信息,并不代表本網贊同其觀點和對其 真實性負責,且不承擔此類作品侵權行為的直接責任及連帶責任。如其他媒體、網站或個人從本網下載使用 ,必須保留本網注明 的"稿件來源",并自負版權等法律責任。

如涉及作品內容、版權等問題,請在作品發表之日起兩周內與本網聯系,否則視為放棄相關權利。

旗下頻道

色譜儀 光譜儀 反應釜 試驗箱 試驗機 攪拌器 培養箱 離心機 水分測定 氣體檢測 量熱儀 石油儀器 純水器 比表面儀 溫度記錄 流量計 萬用表 顯微鏡 粒度儀 測厚儀 硬度計 酸度計 元素分析 生物試劑 電線電纜 天平衡器 傳感器 食品檢測 壓力儀表 電化學 測厚儀 閥門儀表 電力儀表 干燥設備 藥物檢測
现在0元干代理赚钱 用电脑看新闻赚钱的软件哪个好 大米怎么赚钱 皇家彩票游戏 2018新的赚钱方式方法 手作娘可以赚钱吗 万佳彩首页 书点击量赚钱吗 玩天龙八部如何赚钱 麻将必胜技巧大全 现在干餐饮赚钱 农贸市场卖火锅菜赚钱吗 东望集团怎么赚钱 怎么炒原油赚钱 赚钱真不容易作文400字 老公不赚钱靠老婆养家